A középkör végén és az újkor elején a reformáció mozgalma az egyház megújítását tűzte ki fő céljául. Természetesen tanításai Magyarországra is eljutottak. A három részre szakadt ország területén a hatása különböző mértékben érvényesült.
Az evangélikus ága a Felvidéken terjedt legnagyobb mértékben, a királyság keleti részében pedig a kálvinizmus, más néven a református irányzat hódított legnagyobb teret. A Hódoltság területén a törökök közömbösek voltak a keresztény vallás iránt.
Az új hitre áttárt nemesek iskolákat és nyomdákat alapítottak. Számos magyar nyelvű könyv látott ekkor napvilágot. A reformáció fő központjai Debrecen, Sárospatak, Pápa és Gyulafehérvár voltak. Ebben az időben készült el a teljes magyar nyelvű bibliafordítás Károli Gáspár jóvoltából.
A reformációnak a Muravidéken is fontos szerepe volt. Az alsólendvai várban működött a mai Szlovénia területén az első nyomda