A magyarországi szlovén nemzetiség a szabadságharc során megoszlott, amelynek elsődleges vallásfelekezeti jellege volt és nem etnikai. Az "ausztriai szlovénok" főleg katolikusok, a Muravidéken pedig sokan evangélikusok voltak amely nagyban befolyásolta politikai állásfoglalásukat. Mivel köztudott volt, mennyire elfogult volt a katolikus vallás mellett a Habsburg-ház, ezért nyilvánvaló volt, hogy attól az evangélikus szlovének semmi jót nem várhattak.

Kardos János hodosi lelkész volt az evangélikusok legfőbb szószólója a szabadságharc folyamán, s híveivel együtt Kossuth Lajost támogatta. Kardoséknak elég lett volna, hogy a magyar állam biztosítja a magyarországi szlovénoknak a szlovén nyelv, a muravidéki tájszólás ("vend nyelv") szabad használatát az iskolákban és nem igényelték a szlovének külön politikai nemzetként való elismerését.

Az ausztriai szlovén vezetőknek nem voltak konkrét ismereteik a magyarországi szlovén nemzetiséget illetően. Ezt bizonyítja az 1840-es években kidolgozott ún. Egyesült Szlovénia programja. Ennek jegyében a szlovénok először nem függetlenséget, hanem széles körű autonómiát akartak szerezni a Habsburg Birodalmon belül, méghozzá úgy, hogy a három örökös tartomány területén levő szlovén tömböket egységes közigazgatási területbe vonják össze. Ehhez térképet is dolgoztak ki, amely először még nem tartalmazta a Muravidéket, a magyarországi szlovének lakhelyét. Később azonban már a program kiemelte, hogy a magyarországi szlovének egyesítésére is törekszik az anyanemzet. A nézetkülönbségek ellenére nem volt éles szembenállás a két tábor között, egyrészt mert a vallási különbségek itt nem eredményeztek ellentéteket a reformáció és a rekatolizáció idején mint máshol az országban.